El Municipio de Nagarote es un pueblo de origen indígena, tiene una existencia de más de quinientos años, dado que para 1548, bajo la denominación española apareció mencionado el pueblo de Nagarote como encomienda del rey de España, El origen del nombre de “Nagarote”, según algunos autores proviene de la lengua indígena Chorotegana que significa “en el camino de los Nagrandanos”, de las voces “Nagrand” que significa Nagrandanos y la voz “Otli”, que expresa idea de camino.
Existe otra versión que deriva Nagarote de los vocablos “nahualli – Otli” o “Camino de brujo”.
El pueblo de Nagarote fue elevado a rango de ciudad por ley legislativa del 4 de junio de 1963.